Cambiare colore alle cartelle può essere utile per distinguerne alcune e identificarle meglio.
Da oggi in Ubuntu puoi farlo facilmente, installando da repository ppa il programma Folder Color.
Per installarlo, su Ubuntu 12-04, 13.10 e 14.04, date da terminale i seguenti comandi:
sudo add-apt-repository ppa:costales/folder-color
sudo apt-get update && sudo apt-get install folder-color
Poi uscire e rientrate nella sessione. A quel punto, cliccando col destro su una cartella, dovreste vedere un menù che vi permette di scegliere il colore desiderato.